厦门市儿童医院（复旦大学附属儿科医院厦门分院）系厦门市卫生和计划生育委员会管理的全民事业单位，是厦门市委、市政府重大民生工程项目，建设发展目标是建成集医疗、教学、科研、预防保健为一体的海峡西岸一流的三级甲等儿童专科医院。医院由复旦大学附属儿科医院负责管理，秉承“一切为了孩子”的服务理念，努力为儿童提供有效、快捷、安全、方便的医疗保健服务。
医院位于厦门市湖里区宜宾路92-98号，建筑面积7.39万平方米，编制床位500张，2014年6月1日顺利开业。在复旦大学附属儿科医院的引领和指导下，经过三年的努力，医院目前已平稳开放24小时急诊、儿内科、儿外科、特约高级专家门诊等36个临床医技科室，开放新生儿医学中心、儿童保健中心、儿童重症医学中心、康复医学中心、内镜中心五大医疗中心，开放床位即将达到500张（包括综合内科一区、综合内科二区、综合内科三区、综合外科一区、综合外科二区、新生儿医学中心、儿童重症医学中心、特需病房等十个病区），各项业务均平稳运行，三级儿童医院的框架已经形成。
医院海纳国内外儿科领域的多名专家任学科带头人，技术力量雄厚。复旦大学附属儿科医院对厦门分院实行品牌、管理和技术的平移。两院之间专家互访，建立统一的门诊工作平台，开通远程会诊平台和疑难危重患儿转诊复旦大学附属儿科医院的绿色通道，实现无缝对接。复旦大学附属儿科医院托管的厦门市儿童医院已成为闽西南有影响力的儿童专科医院。
医院专业设置齐全，重点科室有NICU、PICU、小儿呼吸内科、小儿消化内科、小儿神经内科、中医儿科、新生儿外科、小儿普外科、小儿骨科、小儿泌尿外科、儿童保健中心、康复医学中心等，配有先进的洁净手术室。医院拥有现代化医疗设备，包括3.0T西门子磁共振、64排飞利浦微平板CT、彩色超声诊断仪、24小时动态脑电图、电子胃镜、肠镜、3D腹腔镜、婴幼儿肺功能仪、视频脑电图、化学发光仪、特定蛋白测试仪、流式细胞仪、德国布鲁克微生物质谱仪、串联质谱仪等先进诊疗设备。
医院各项高难度业务服务相继开展，如：开展小儿胃镜肠镜技术、小儿纤支镜检查、新生儿外科开展食道闭锁、膈疝等开胸手术，以及小儿神经外科开展早产儿高难度手术，以及PICU和NICU开展机械通气，NICU开展换血技术和亚低温治疗、NO吸入等。其中如先天性食道闭锁的腔镜手术、胆道手术、早产儿救治都达到了国内一流水平。新生儿医学中心开通24小时院前转运,接受厦门市及周边地区40家医院（包括8家三级医院）转诊危重症患儿。