晋江市中医院始建于1984年12月，是福建省县域首家三级甲等中医医院，是福建中医药大学非直属附属医院，是国家级中医住院医师规范化培训基地，中医类别全科医生规范化培养基地、福建中医药大学研究生培养基地、福建省中医外治（全科）培训基地、福建省住院医师规范化妇产科专业培训基地、中国妇幼保健协会专科助产士临床培训基地，先后获得全国中医药文化建设先进单位、福建省省级文明单位、福建卫健系统“1263”机制党建示范基地、全国青年文明号、全国巾帼文明岗等荣誉。

医院设有一院三区，包括总院、爱国楼门诊部、紫帽院区，总院占地面积48.6亩，编制床位520张，现有员工1022人，其中高级职称86人，中级职称312人，初级508人，注册中医执业医师208人。设有17个临床一级学科，26个二级学科，11个中医专病门诊，10个医技科室， 12个病区。2022年总诊疗量115.01万人次，出院21484人次，总收入4.677亿元，业务收入4.596亿元，固定资产6.20亿元，医疗设备资产额2.17亿元，总台件数4167件，配备中医诊疗设备14类，56种共计821台件。医院前后投入两千多万元建立现代化设施的临床实训中心，建筑面积1250平方米，为教学工作提供有力支撑。

目前有省级中医重点专科3个（脾胃病科、急诊科、中医护理学），省级农村医疗机构中医特色专科2个（皮肤科、推拿科），省级临床重点学科（急诊科），泉州市级中医重点专科2个（治未病科、重症医学科），晋江市重点专科1个（骨伤科）。产科、骨伤科2023年5月被确定为第八批省级中医重点专科建设项目。