复旦大学附属中山医院厦门医院是福建省、厦门市和复旦大学及其附属中山医院等合作共建的重大民生工程，是全国首家挂牌的国家区域医疗中心项目。医院位于福建省厦门市湖里区五缘湾畔，总占地面积7.12公顷，总建筑面积20.9万平方米，于2017年8月开业试运行，编制床位800张，现开放720张，是一所由复旦大学附属中山医院同质化、全运营的公立三级甲等综合医院。
医院以“大专科、小综合”为发展特色，依托上海总部29个国家级临床重点建设专科，以心血管、肺、肝、胃、肠、肾等重要脏器疾病为特色，与厦门市现有医疗机构错位发展。
医院已建成樊嘉院士、葛均波院士等17个名医工作室，开设41个多学科综合门诊（MDT），三四级高难手术占比超83%，填补了80余项厦门乃至福建医疗领域技术空白。
医院普通外科、消化内科、危急重症科、放射诊断科、肾脏内科等科室获批福建省级临床重点专科，放射诊断科获批厦门市临床重点专科，血管外科、消化内科、呼吸内科获批厦门市医学优势亚专科。
医院任国内循证医学、机器人与手术导航解剖学、放射学、医院感染学、消化内科学、内分泌学等11个学科主任委员单位。
医院累计获得福建省科技进步奖一等奖2项、三等奖1项、福建医学科技奖三等奖1项、厦门市科技进步三等奖2项；获得各级科研项目450余项，其中国家自然科学基金7项、省杰青4项、省优青2项、省自然重点项目2项，科研经费达8000余万元。
累计发表论文769篇，其中SCI论文275篇，影响因子983分。授权专利160件。
医院共获批1个省级临床医学研究中心：福建省腹部肿瘤精准诊疗临床医学研究中心；2个市级临床医学研究中心：厦门市恶性肿瘤综合治疗临床医学研究中心、厦门市影像医学临床医学研究中心；3个市级重点实验室：厦门市泛血管疾病精准诊治重点实验室、厦门市生物治疗重点实验室、厦门市影像大数据与人工智能临床转化重点实验室。
医院建有1400平方米的生物治疗中心，以开发免疫细胞治疗为主，运用TIL、CAR-T、TCR-T、NKT细胞治疗等技术，探索恶性黑色素瘤、肺癌、肝癌、乳腺癌等多种肿瘤的新治疗方式，提升治疗效果。医院已搭建中心实验室，国家区域医疗中心二期工程——科教中心大楼2024年已投入使用，集成大型会议、学术研讨、科研、教学、模拟实训、生活等多功能为一体的综合型大楼，规划有组织与病理学、测序与生信分析、生物技术应用治疗等科研实验平台，以及生物样本库、实验动物中心，为探索疾病相关的分子机制及转化医学研究奠定基础，为医院科研发展提供平台支撑。