南京医科大学眼科医院系南京医科大学附属眼科医院，江苏省红十字眼科医院，三级甲等眼科医院，国家临床重点专科，国家药物临床试验机构（GCP）,南京医科大学硕士生培养基地、博士生培养点，南京医科大学眼视光学系，南京市博士后创新实践基地，江苏省眼科医疗质量控制中心、南京市眼科医疗质量控制中心挂靠单位。有汉中路院区和六合院区两个院区，床位数250余张，面积21000多平方米，职工300多人。白内障科为江苏省临床重点专科，眼底病科为南京市重点专科，是一所集临床、 教学、科研具有一定影响力的现代眼科专科医院。

医院隶属于南京医科大学第四临床医学院，是在原中日友好南京眼科医院的基础上创建的。

医院是国家级住院医师规范化培训协同基地、江苏省基层特色科室眼科孵化中心项目单位 、南京市眼科专科护士培训基地、江苏省和南京市近视防控专家组单位、江苏省儿童青少年近视防控研究中心、江苏省大数据临床应用示范中心近视防控大数据应用建设单位、江苏省验光配镜从业人员实训考核基地，江苏省中小学生眼保健教育示范基地，中国中西医结合学会眼科专业委员会眼视光协作组组长单位，拥有中央与地方共建高校特色优势学科实验室——南京医科大学医学视光学教学实验室、南京医科大学眼视光学和视觉科学重点实验室，南京市眼科医学重点专科，南京医科大学眼科学（眼视光学）校级重点学科。是一所集医疗、教学、科研于一体，具有一定影响力的非营利性眼科专科医院，2018年，中国医院科技量值眼科全国排名25位，江苏居首。