亳州市华佗中医院现有州后街院区、涡北院区两个院区，其中州后街院区位于安徽省亳州市州后街19号，始建于1956年，建筑面积5万平方米，是一所集医疗、保健、科研为一体的二级甲等中医医院，是亳州市医保和新农合定点医院，是国家职业医师实践技能考试基地、安徽中医药大学第一附属医院亳州分院、安徽中医药大学/亳州职业技术学院教学医院，先后荣获全省卫生系统先进集体、全省示范中医医院、亳州市公安局警民共建文明单位、亳州市文明单位等荣誉称号。
医院开放床位918张，配有日本东芝公司16层螺旋CT、美国GE1.5T超导核磁共振系统、高集成便携彩色多普勒超声仪、飞利浦IU22彩超、美国GE730四维彩超、蓝韵LWX-80D数字胃肠机、万东多功能数字胃肠机、美创全自动血凝仪、奥林巴斯全自动生化分析仪等医疗设施。
临床教学与研究机构
医院是安徽中医药大学、亳州职业技术学院教学医院，是国家执业医师资格（中医类别）实践技能考试基地。

重点专科
科室设置
医院设有脑病科、肛肠科、心病科、糖尿病科、肺病科、疮疡风湿科、骨伤科、针灸科、康复科、感染科、外科、介入/肿瘤科、骨科、妇产科、儿科、口腔科、眼科、急诊科、麻醉科、健康管理科、超声医学科、检验科、心电图科、影像科等临床科室和医技科室。

特色专科
一、国家中医药管理局农村医疗机构中医特色优势重点专科：肺病科。

二、安徽省重点专科：肝病科、眼科、骨伤科、脑病科、颈肩腰腿痛（专病）。

三、亳州市重点专科：肺病科、脑病科、肿瘤科、糖尿病科、针灸推拿科、妇产科、肛肠科。

医疗优势
一、优势病种：支气管哮喘、慢性阻塞性肺疾病、肺间质疾病、肺炎、肺癌、肝炎、肝硬化、强直性脊柱炎、类风湿关节炎、痛风性关节炎、骨关节炎、骨质疏松、干燥综合征、颈肩腰腿痛、眼病、肿瘤、糖尿病、肛肠病、白塞氏病、口腔溃疡、系统性红斑狼疮、产后风湿、银屑病、天疱疮、湿疹、痤疮、带状疱疹、尖锐湿疣、梅毒、病毒性肝炎、酒精性肝病、脂肪肝、泌尿系统结石、泌尿生殖系统感染、男性不育、脑出血、脑梗塞、神经性血管性头痛、眩晕症、血管性痴呆、高血压病、性功能障碍、颌面部肿瘤、牙颌面外伤、牙体牙髓病、尖周病、粘膜病、牙周病。

二、优势技术：闭合复位经皮固定架固定术、小儿弹性髓内钉内固定、中药熏蒸、穴位注射、骶尾封闭、浮针镇痛、神经根减压松解术、白内障超声乳化术、小切口白内障摘出术、人工晶体植入、青光眼小梁切除术、中药穴位帖敷法、中药敷脐法、穴位注射法、中药灌肠法、中医定向透皮治疗法、红外理疗法、中医冬令膏方、中药离子导入、华佗五禽戏保健操、冬病夏治三伏贴。