厦门市健康医疗大数据中心(厦门市医药研究所)是国家首批健康医疗大数据中心试点之一，是健康信息化建设、临床药物和器械研发的新型科研机构，是厦门市健康产业的孵化中心。
中心负责全市健康医疗大数据平台的组织建设和应用示范，是中国循证医学真实世界数据研究基地、医学健康大数据区块链创新联合实验室、物联网联合研发中心。中心下设厦门市天然药物研发重点实验室、厦门市健康医疗大数据应用开放实验室，药物警戒实验室，共计3000余平方米。
近年来，厦门市健康医疗大数据中心持续围绕“互联网+健康医疗”主题，应用大数据、云计算、物联网、区块链、5G等新兴技术，着眼大健康视野，推动健康数据融合共享和智能医疗应用，全力发展数字健康产业。
获得的荣誉：
我中心承建的厦门市区域卫生信息平台通过国家卫健委最高等级测评，健康信息化建设水平位居全国前列，获得了第五届中国地方政府创新奖；2017年获得中国“智慧城市示范案例”；2018年，获得中国“互联网+医疗健康”十大优秀案例。近年来，中心参与多个国家级、省市级重大专项，获部委、省、市科技成果奖近五十项；主持和参与国家自然科学基金、部委专项课题等近四十余项；获部委各项优秀案例十多项，出版专著二十余部。