上海市肿瘤研究所（以下简称“肿瘤所”）成立于1958年，隶属于上海市教委。1980年被确认为世界卫生组织癌症预防与控制合作中心。1985年被批准建立癌基因及相关基因国家重点实验室。1996年与上海市科委共建基因治疗研究中试上海基地。2003年与上海交通大学共建上海交通大学肿瘤研究所。2010年，与仁济医院实现院所合一。
目前，全所占地面积6356平方米，拥有实验室空间10500平方米，分别位于两个区域，其中徐汇区斜土路7500平方米，上海交通大学闵行校区3000平方米。设有国家重点实验室、肿瘤流行病研究室等11个研究组（室）和动物实验中心、科学研究公共平台、《肿瘤》杂志编辑部。截止2015年底，共有在编职工111 人，其中科技人员90人，有中国工程院院士3人、终身教授1人。具有高级专业技术职称者28人，研究生以上学历62人，研究生导师20人（博导12 人、硕导8 人），招生专业为肿瘤学、生物化学与分子生物学、病原生物学等，现有在读研究生68人（博士生30 人、硕士生38 人）。肿瘤所多次荣获国家和上海市各级人才计划，包括国家杰出青年、国家新世纪百千万人才工程、教育部新世纪人才计划、上海市领军人才、上海市优秀学科带头人、上海市曙光学者和上海市东方学者等。



目前，肿瘤所的主要研究方向为恶性肿瘤的流行病学与病因学，肿瘤发病机理及肿瘤细胞免疫治疗等生物高科技研究，探索肿瘤防治的新途径等相关领域。已建成肿瘤干细胞、肿瘤微环境、肿瘤靶向生物治疗、肿瘤分子病理学、肿瘤免疫调节等科学研究技术平台及实验动物研究平台，拥有质谱分析仪、高通量测序仪、激光共聚焦显微镜、小动物活体成像仪、小动物SPECT等先进科研设备，向所内外提供相关的实验设备和服务，并提供实验动物。
在“十三五”期间，肿瘤所将基于原有研究方向，结合精准医疗计划，整合与优化现有学科平台，寻找新的肿瘤生物标志物、分子分型及治疗靶标，建成在国内外有重要影响力的肿瘤基础研究与临床转化应用基地。