南通瑞慈医院起步于2000年，是集医、教、研于一体的三乙综合性医院，是南通市最早沪通医疗合作成功办院的代表性名片。医院占地面积200亩，规划床位2000张，现有开放床位800张，设有46个临床医技科室、30多个病区、超净化手术室，配备256排CT、3.0T核磁共振、直线加速器、PET-CT、DSA、伽马刀、海扶刀等大型先进医疗设备。经过25年的发展，院内现有员工1100多名，省、 市级学会副主委及学组组长以上70多人，博导、 硕导、 兼职教授60多人，多人获得国务院特殊津贴。不仅如此，在学科建设上，现已形成心脏、肿瘤、神经、消化、骨科、康复等一批高水平有特色的优势学科群，被誉为“中国医卫改革的样本”。
医院以创”三甲“为目标，不断汇聚高精尖医疗资源，高质量发展提升医疗辐射力与影响力。2025年6月，上海市东方医院与南通瑞慈医院签署战略合作协议，上海市东方医院南通瑞慈医院正式揭牌。上海市东方医院对南通瑞慈医院实施全面管理，输出顶尖医疗技术，管理模式和品牌影响力，实现医疗、教学、科研工作同质化，未来，南通瑞慈医院将依托东方医院专科优势，打造长三角地区具有示范效应的区域医疗联合体，成为依托上海顶尖资源、辐射苏中苏北的“医疗新高地“。